Mikrobiota kojence je ovlivňována celou řadou faktorů, jedin z nich je způsob porodu. Mikrobiota dětí narozených vaginálním porodem připomíná zpočátku vaginální a střevní mikrobiotu matky. Děti narozené císařským řezem, se kolonizují především kožní mikrobiotou matky a mikroorganismy z vnějšího prostředí. Dalším faktorem je forma krmení.
Za standardních podmínek pokračuje kolonizace střevní mikrobioty za pomoci kojení mateřským mlékem, které minimálně do půl roka dítěte obstarává veškerou potravu
novorozence. Pokud není kojení možné, pestrý trh s náhradní kojeneckou mléčnou výživou nám v dnešní době nabízí kvalitní výběr.